Antes de analisar as vantagens e desvantagens da plataforma Magento E-commerce, vamos entender as características desse sistema.

O sistema Magento é uma plataforma de E-commerce, Open Source, ou seja, é um sistema de código fonte aberto, onde você pode baixar gratuitamente da Internet, e instalar em um servidor de sua responsabilidade. O Magento sem dúvida é o sistema de E-commerce Open Source mais completo da atualidade, com recursos muito avançados de Loja Virtual, sem igual, muito seguro, e tecnologia apurada de SEO [Search Engine Optimization], que facilita a indexação nos Buscadores como o Google, diminuindo os custos de investimento em publicidade significativamente se for explorados os recursos de SEO que o sistema possui.

O Magento roda em um servidor Linux com PHP e base de dados MySql, que também são gratuitos, não exigindo investimentos em licenças de softwares.

Outra característica é que o Magento encontra-se no Brasil em uma fase madura, com pacotes de tradução português-brasil, bons prestadores de serviço Magento, uma comunidade local forte e ativa, além de bem ambientado e formatado para a realidade para uso no Brasil [meios de pagamento, cálculo de fretes, etc.]

VANTAGENS:

1. Possui os melhores e mais avançados recursos que um sistema de E-commerce pode oferecer
2. Uma infinidade de módulos adicionais que podem ser instalados e personalizar a loja virtual de uma forma incrível
3. Recursos Avançados de SEO, que se explorados podem fazer toda a diferença, trazendo tráfego orgânico, NÃO PAGO, ou seja, diminuindo os custos de marketing digital.
4. Muito Robusto e forte nos quesitos de segurança e estabilidade
5. Por ser um sistema rodando em um servidor próprio, as informações de sua loja virtual do banco de dados, como cadastro de clientes, produtos, pedidos e transações são totalmente privadas, sem acesso de terceiros, diferentemente se a loja fosse alugada.

DESVANTAGENS:

1. Por ser um sistema Open Source e possuir um alto padrão de programação estruturada, baseado em Zend, o Magento exige mão de obra altamente especializada, que dependendo do projeto e das exigências, pode se tornar um custo de instalação, configuração e manutenção significativo que devem ser considerados no projeto.
2. Por ser o Magento um sistema muito robusto, para rodar adequadamente exige também um servidor mais robusto, em geral um servidor semi-dedicado, cloud-computing ou dedicado, que também possui um custo de hospedagem mais elevado. Os planos de hospedagem possuem em geral a opção de ser gerenciado pela hospedagem ou gerenciado pelo cliente. Se optar pelo gerenciamento pela hospedagem o custo é maior, e se optar pelo gerenciamento pelo cliente, a responsabilidade do funcionamento do servidor e bakcups são suas, devendo contratar um prestador de serviços que possa oferecer esse tipo de serviço, em ambos os casos, esses custos devem ser considerados no projeto.
3. Se for pensar em desenvolver ou prestar manutenção no Magento internamente em sua empresa, através de um programador PHP, o sistema possui uma curva de aprendizagem bastante longa se comparado a outros sistemas open source, embora baseado em programação PHP, dado a complexibilidade do sistema.
4. O aspecto mais negativo que vejo para o Magento, é que mesmo que você atenda aos requisitos de robustez de servidor, corre o risco do sistema ainda assim ficar lento, levando alguns segundos para a loja carregar, dependendo do peso da loja, acima da expectativa, mais que 5 segundos, o que prejudica em muito suas ações de Marketing Digital. É muito comum lojas Magento aqui no Brasil, rodando com certa lentidão, no carregamento das páginas.

CONCLUSÃO:
Particularmente acho o Magento um sistema fantástico, uma ótima opção de sistema de E-commerce, tive a oportunidade de estudar a estrutura de programação, instalar uma loja virtual e personalizar o layout, mas realmente os detalhes que citei devem ser bem pensados antes de optar pelo Magento como plataforma de E-commerce de loja virtual, e principalmente saber que são necessários muitos recursos de servidor para a loja rodar com performance adequada. Minha dica é tentar contratar um serviço completo [hospedagem + configuração magento + manutenção magento] com uma única empresa, que esteja apta a prestar um serviço de qualidade.

Se você está considerando uma solução Open Source para seu projeto de E-commerce, não deixe de ler sobre o sistema OpenCart, nesse outro artigo:

Plataforma OpenCart para E-commerce, vale a pena, é boa ?